Maebara Keiichi adalah seorang anak yang baru pindah dari kota dan menetap di rumah barunya di desa Hinamizawa yang damai. Dia berhasil berteman dengan gadis-gadis di sekolahnya dan mereka menjalani keseharian secara normal hingga festival besar di desa tersebut. Tapi, ada sesuatu yang aneh dari desa itu dan kecurigaannya semakin menjadi setelah dia mengetahui serangkaian insiden misterius yang pernah terjadi di desa itu. Rahasia kelam apa yang disembunyikan oleh desa kecil itu?